序号

项目及品种名称

物资质量技术标准或服务内容及标准要求

计量
单位

采购
数量

预算单价（万元）

预算
总金额
（万元）

交货（服务）地点

交货（服务）期限

备注

合计

30

1.9

57

（一）

项目名称

1

单细胞测序

一.技术指标
1.细胞直径：5um≤细胞直径≤30um
2.细胞活性：要求大于80%以上
3.细胞捕获率：大于65%
4.细胞捕获数量：5000-10000个细胞
5.多细胞的捕获数：小于0.9%/1000cells
6.测序数据量：一般情况下，推荐每个细胞测50,000-100,000条reads，即得每个细胞测15-30M数据量。测序存在一定饱和性，适当加大测序数据量可提高基因的检出率
7.试剂类型：V3.1试剂
二.分析指标
1.测序饱和度：80%以上
2.Q30：90%以上
3.有效barcode：90%以上
4.Fraction reads：70%以上
5.外显子mapping率：60%以上
6.基因检出数量：1000-3000个之间
三.分析内容
3.1 标准分析
3.1.1.RawData数据质量评估
3.1.2.Cell Ranger表达矩阵统计
3.1.3.细胞过滤质控分析
3.1.4.Cell Ranger降维和聚类分析
3.1.5.差异基因
3.1.6.差异基因富集分析
3.2 高级分析
3.2.1.NovoCM 辅助细胞定义
3.2.2.细胞分群占⽐统计
3.2.3.差异基因展示
3.2.4.功能富集分析（GO/KEGG/Reactome）
3.2.5.蛋白互作分析
3.2.6.差异基因TF注释
3.3 个性化分析
3.3.1.Scanpy ⾼级分析
3.3.2.拟时分析(拟时分析/RNA velocyto速率分析/psupertime 有监督伪时间推断)
3.3.3.细胞通讯配受体分析（CellPhoneDB/Celltalker/CSOmap）
3.3.4.SCENIC转录因⼦调控⽹络
3.3.5.inferCNV 基因组拷⻉数推断
3.3.6.SNP突变推断
3.3.7.辅助细胞定义
3.3.8.多组学联合分析(10x单细胞转录和10x空间转录组)：使用的软件是Seurat V3/LIGER。
3.3.9.批次整合分析（Seurat V3/Harmony/LIGER）
3.3.10.其它定制化个性分析

例

30

1.9

57

成都

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